海藻糖有三种电子光学同分异构体，分别是α，α-海藻糖（菌类糖，Mushroom Sugar）、α，β-海藻糖（新海藻糖，Neotrehalose）和β，β-海藻糖（异海藻糖，Isotrehalose）。在其中仅有α，α-海藻糖在大自然中以分散情况存有，即是一般常说的海藻糖，普遍存有于各种各样生物体中，包含病菌、酵母菌、细菌和藻类植物及其一些虫类、节肢动物和绿色植物中，特别是在在酵母菌中成分较多，吐司面包和葡萄酒等发醇食品及贝类等也带有海藻糖。α，β-型和β，β-型在大自然中非常少见，仅在纯蜂蜜和蜂皇浆中发觉了小量的α，β-型海藻糖，α，β-型和β，β-型这二种海藻糖能够有机合成。

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